Strukturę organizacyjną Ośrodka tworzą piony, działy i zespoły oraz samodzielne stanowiska pracy.

Organizację wewnętrzną Ośrodka określa regulamin organizacyjny nadawany przez Dyrektora w drodze zarządzenia, z zastrzeżeniem przepisów ustawy.
Aktualny Regulamin organizacyjny dostępny jest w dziale „status prawny” w zakładce  „regulamin organizacyjny”.
Organizację stanowisk pracy w Ośrodku ilustruję schemat, stanowiący załącznik do Zarządzenia wprowadzającego regulamin organizacyjny w Ośrodku.

W Ośrodku „Pamięć i Przyszłość” sposób etatyzacji odbywa się zgodnie ze zmienionym Zarządzeniem Dyrektora nr 69/21 z dnia 31 sierpnia 2021 r.